در جلسه شامگاه چهارشنبه ۲۸ آذر ۱۳۵۸ شورای انقلاب قانون، انتخابات ریاست‌جمهوری به تصویب رسید. در این جلسه تصمیم بر این شد نخستین دور انتخابات روز پنجم بهمن ۱۳۵۸ برگزار شود. دکتر حسن حبیبی، سخن‌گوی شورای انقلاب، پس از اتمام این جلسه در مورد شرایط داوطلبان ریاست‌جمهوری به خبرنگار کیهان (پنجشنبه ۲۹ آذر ۵۸) گفت: «اولان نباید محجور باشند و از حقوق اجتماعی محروم نباشند و رئیس‌جمهور باید از رجال مذهبی و سیاسی و واجد شرایط زیر باشد: تابع ایران و ایرانی‌الاصل باشد. مدیر و مدبر دارای حسن سابقه و امانت و تقوا، مومن و معتقد به مبانی جمهوری اسلامی ایران و مذهب رسمی کشور و کمتر از ۳۰ سال هم نداشته باشد.» در این جلسه حداکثر سن برای داوطلبان تعیین نشد. بر اساس تصمیم همین جلسه شورای انقلاب بنا شد نامزد‌های ریاست‌جمهوری از روز پنجشنبه ۲۹ آذر ۱۳۵۸ تا قبل از پایان وقت اداری روز هشتم دی‌ماه ۵۸ ثبت‌نام کنند.
آیت‌الله خلخالی در سومین روز ثبت‌نام کاندیدا‌های ریاست‌جمهوری (شنبه یکم دی ۱۳۵۸) طی یک تماس تلفنی به پرسش‌های خبرنگار کیهان درباره مسائل مربوط به نخستین دور انتخابات ریاست‌جمهوری ایران و اظهار نظر رادیو‌های خارجی پاسخ داد. وی گفت که ریاست‌جمهوری را قبول خواهد کرد!
متن این پرسش و پاسخ به این شرح بود:
درباره کاندیدا شدن برای ریاست‌جمهوری نظرتان چیست؟
عده‌ای از طرفداران فداییان اسلام مرا کاندیدا کرده‌اند و البته من هنوز از طرف حزب خاصی کاندیدا نشده‌ام و البته، چون ریاست‌جمهوری مسئولیت اسلامی می‌باشد از این جهت من این مقام را قبول خواهم کرد، ولی فکر می‌کنم که احزاب من‌جمله حزب جمهوری اسلامی مرا کاندیدا نکنند.
در صورت پیروزی در انتخابات اولین اقدام شما چیست؟
در صورت پیروزی اولین کاری که فکر می‌کنم این است که دست بیگانگان را از کشور کوتاه کنم. به این شکل که اولا در ادارات یک پاک‌سازی عمومی را شروع خواهم کرد نه به این شکل امروزی که فقط حرف می‌زنند بلکه این مسئله یک قاطعیت انقلابی می‌خواهد ثانیا نظم و امنیت را در سراسر مملکت به هر شکل که شده برقرار خواهم کرد، زیرا تا مملکت نظم و امنیت نداشته باشد نمی‌توان برای مردم کار خیری کرد.
دیشب رسانه‌ها و رادیو‌های خارجی از قول شما نقل کرده‌اند که شما گفته‌اید جاسوس‌ها را باید آزاد کنند. آیا این حرف شماست؟
به هیچ وجه. من گفته‌ام که هرکسی که دستگیر شده نمی‌توان مارک جاسوس به او زد بلکه اول باید اتهامش روشن شود بعد او را محاکمه کرد و این‌طور که رادیو‌ها گفته‌اند کذب محض است.