در بخشی از متن این طرح اعلام شده است که "در آیات و روایات و آموزه‌های اسلامی به دستورات پزشکی متعددی اشاره شده است که در حال حاضر برخی از متخصصین با استفاده از آموزه‌های اسلامی به ایجاد شاخه‌ای از طب مکمل، تحت عنوان طب اسلامی پرداخته‌اند که این طب نیز موفقیت‌های بسیاری در درمان بیماری‌ها را داشته است. با توجه به اینکه این دو شاخه از طب در سراسر کشور توسعه یافته است و از طرفی برخی افراد غیرمتخصص در این دو حوزه اقدام به سوء‌استفاده می‌کنند، لازم است که این دو رشته از طب تحت نظارت یک سازمان قانونی فعالیت کنند و صدور مجوز فعالیت آنها و همچنین برخورد با متخلفان و بررسی تخلف آنها توسط این سازمان انجام شود. این سازمان کاملاً غیردولتی بوده و بودجه آن از حق عضویت اعضا تأمین می‌شود و تحت نظارت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی فعالیت خواهد کرد.

در عین حال در بخش دیگری از این طرح آمده است که داشتن گواهینامه پزشکی و تخصصی طب سنتی (مورد تایید وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی) یا مدرک سطح دو حوزه علمیه (مورد تایید مدیریت مرکز حوزه علمیه) و تایید سه نفر از مجتهدین حوزه طب اسلامی، داشتن حسن شهرت اجتماعی، نداشتن محکومیت کیفری موثر و... از جمله شرایط عضویت در این سازمان محسوب می‌شود.

طب اسلامی؛ واژه‌ای ابداعی است

ارائه این طرح، اما واکنش‌های بسیاری را از سوی وزارت بهداشت، سازمان نظام پزشکی و... به دنبال داشت. به طوری که دکتر کیانوش جهانپور- سخنگوی سازمان غذا و دارو و رییس مرکز اطلاع‌رسانی وزارت بهداشت در رشته توئیتی ضمن بازنشر بخشی از متن طرح مجلس برای تشکیل سازمان طب ایرانی اسلامی که به موجب آن، یکی از شرایط عضویت در این سازمان دارا بودن مدرک سطح دو حوزه علمیه و تایید سه نفر از مجتهدین حوزه طب اسلامی است، نوشت: "طب اسلامی، واژگان ابداعی است برای فرار از آزمون منطقی، مغالطه انتساب به منبع مقدس است برای گریز از پاسخگویی، ربطی به طب سنتی و طب ایرانی که تجارب مدون هزاران ساله بشری است هم ندارد، عموما ربطی به آموزه های دینی سلامت هم ندارد، راهبرد جدیدی است برای دین زدایی و لوث کردن اعتقادات"

وی همچنین نوشت: "فرار از کارآزمایی و آزمون علمی و منطقی شاه بیت این مدعیان: «کسانی که از راهکارهای طب اسلامی نتیجه خوبی نمی‌گیرند، ممکن است لازم باشد در اعتقاداتشان تجدیدنظر کنند و صادقانه‌تر و خالصانه‌تر رفتار کنند و قلب و عملشان یکی باشد» ".

طرح ایجاد سازمانی با عنوان طب اسلامی، موجب وهن اسلام و ایران است

از سوی دیگر  دکتر محمدرضا ظفرقندی- رییس کل سازمان نظام پزشکی نیز در واکنش به ارائه این طرح در مجلس، در نامه‌ای خطاب به رییس مجلس شورای اسلامی اعلام کرد که"اخیرا طرحی از سوی ۲۶ نفر از نمایندگان مجلس که اکثرا هم کارشناس و متخصص امور  طبابت و پزشکی نیستند، برای ایجاد سازمان طب اسلامی-ایرانی خدمت جنابعالی ارائه شده است. جنابعالی به خوبی واقفید که مقوله خطیر پزشکی مسئله‌ای کاملا علمی وتخصصی است و با جان و سلامت انسان‌ها ارتباط مستقیم دارد. در دنیای امروز و در علوم طبیعی فقط روشهای علمی مستند و مبتنی بر شواهد پذیرفته شده و می‌تواند مرجعیت اقدام و عمل در همه امور و بویژه امر مهم طبابت باشند. "

ظفرقندی همچنین در نامه خود تاکید کرد که "طرح ایجاد سازمانی با عنوان طب اسلامی که حتی در حوزه های علمیه و نزد مراجع محترم‌ هم‌ بارها مورد نقد و تردید جدی قرار گرفته و نیز ورود افراد غیر مجاز به حوزه طب وطبابت بدون  شک موجب وهن اسلام و ایران در مجامع علمی و بین‌المللی خواهد شد. "

وی همچنین خطاب به رییس مجلس شواری اسلامی، نوشت: "امید است با اهتمام جنابعالی ودیگر نمایندگان محترم مجلس از شأن و منزلت علم مبتنی بر شواهد و تخصص لازم در مقوله تأمین سلامت مردم محافظت واز آسیب روزافزون شبه علم و روشهای انحرافی و وهن آلود پیشگیری شود. "

حال باید دید سرنوشت این طرح چالش‌برانگیز چه می‌شود. باید توجه کرد که طی سال‌های اخیر افراد زیادی با اظهاراتی جاهلانه و خرافی که آن را به اسلام منتسب می‌کردند، موجب عوارض جسمی و روحی برای بیماران و خانواده‌هایشان شده و بار هزینه‌ای سنگینی را بر نظام سلامت تحمیل کردند. بنابراین باید مراقب بود تا ارائه چنین طرح‌ها و پیشنهاداتی منجر به ایجاد بستری برای سودجویی این افراد با نام اسلام نشود.