هر طور شده باید جزو کلاه سبز‌ها می‌شد. اصلا به خاطر همین تصمیم گرفت به ارتش برود. از سال ۸۸، همان سال‌های اول ورودش دوره‌های سختی را پشت سر گذاشت. آموزش‌هایی طاقت فرسا که اگر کسی وسط آن جا می‌زد نمی‌شد به او خورده گرفت. اما محسن نیامده بود که جا بزند. او می‌دانست برای یک سرباز تا زمانی که آموزشش پایان یابد چقدر هزینه می‌شود بنابراین خیلی جدی آن روز‌های سخت و شاید شیرین را پشت سر می‌گذاشت.
میانه همین آموزش دیدن‌ها بود که متوجه شد در سوریه جنگ شده و گروه‌هایی مثل داعش و جبهه النصره مثل خوناشام به جان مردم مظلوم سوریه افتادند و هر آن ممکن است دست تجاوزشان به حرم حضرت زینب (س) هم برسد. برای او که یک ارتشی با روحیه بسیجی بود و سال‌ها در هیأت‌ها برای مظلومیت خاندان پیامبر (ص) و ظلمی که در واقعه عاشورا بر آن‌ها رفته بود به سر و سینه زده بود و آرزو می‌کرد کاش آن روز‌ها متولد شده بود و جانش را در این راه می‌داد، نشستن و نگاه کردن آنچه در سوریه می‌گذشت کار راحتی نبود.
اما این تنها محسن نبود که دلش می‌خواست به خیل مدافعان حرم بپیوندد. بسیاری از دوستانش در یگان‌های مختلف ارتش با دیدن هر مسئولی التماس می‌کردند که آن‌ها را نیز برای مبارزه با داعش اعزام کنند. اما در این اعزام‌ها محدودیت‌هایی وجود داشت و کار اصلی با نیروی قدس سپاه بود.
امیر سرلشکر سید عبدالرحیم موسوی، فرمانده کل ارتش جمهوری اسلامی در خصوص همین درخواست‌ها می‌گوید: «تمام کسانی که از ارتش جمهوری اسلامی چه در نیروی هوایی و چه زمینی رفتند از بین داوطلبان بودند و بسیاری از داوطلبان هم فرصت رفتن پیدا نکردند. ما آن روز‌ها وقتی به واحد‌ها و یگان‌های مختلف می‌رفتیم، یکی از مشکلاتمان همین درخواست زیاد داوطلبان بود.
من در این دوران خاطره‌ای برایم تداعی شد. در زمان دفاع مقدس در دشت عباس یک بالگرد شینوک آمد و فردی پیاده شد و گفت تعدادی نیرو می‌خواهیم برای یک مأموریت خاص. بالاخره آن فرماندهی که آنجا بود ۲۰ نفر را برد که سوار بالگرد کند، اما بقیه به او حمله کردند که تو چرا پارتی‌بازی کردی و بعضی به او حتی بد و بیراه هم می‌گفتند و اجازه نمی‌دادند بالگرد بلند شود. فرمانده مجبور شد به آن‌ها بگوید که این گروه اول است و شما باید ۳۰ نفر ۳۰ نفر آماده باشید تا بیاییم و شما را هم ببریم. یعنی وعده ناصحیح داد تا بتواند آن‌ها را آرام کند.
ما هم چنین وضعیتی داشتیم. در هر واحدی از ارتش که می‌رفتیم، یکی از موضوعات ما همیشه همین بود و افراد متعددی مراجعه می‌کردند که ما باید به سوریه برویم.»
با این حال محسن دست از تلاشش برنداشت و همچنان پر قدرت تمرین می‌کرد و می‌دانست بالاخره روزی به آروزیش که دفاع از حرم حضرت زینب (س) است خواهد رسید. سال ۹۴ روز‌های پایانی خود را می‌گذراند که ارتش تصمیم گرفت تعداد اندکی از نیرو‌های زبده خود را به سوریه اعزام کند. با حاج قاسم مشورت شد و او که فرمانده نیروی قدس بود موافقت کرد. دو هدف از این اعزام دنبال می‌شد، اول اینکه نیرو‌های تکاوری که همه نوع آموزش دیده بودند حالا با رفتن به این جبهه تجربیات متفاوت‌تری کسب کنند و نیز به لحاظ هوایی کمک‌هایی به مدافعان حرم صورت بگیرد. حتی برخی از هواپیما‌های جنگی که به تعمیر نیاز پیدا می‌کرد بعضاً توسط همین ارتشی‌ها مجدد به کار می‌افتاد.
قرعه به نام محسن افتاد و یکی از کلاه سبز‌هایی بود که از تیپ ۶۵ نوهد ارتش قرار شد عازم سوریه شود. یکی از دوستانش خاطره‌ای را اینگونه از او نقل می‌کند: «روز توجیه ماموریت در همان سالن محل اجتماع مدافعان با حاج محسن کنار هم نشسته بودیم. از حال و هوای همدیگه پرسیدیم و قشنگترین جمله‌ایی که بهم گفت این بود که دستش رو انداخت گردن من و گفت: قسمت رو می‌بینی دوره تکاور همرزم شدیم و الان هم توی سوریه خدا قسمت کنه همرزم می‌شیم. منم واقعاً خوشحال بودم از اینکه محسن کنارم بود. به محسن گفتم: تصمیمت واسه رفتن جدی هست؟ با اطمینان گفت: آره. تو چی؟ منم گفتم: خب اگه تصمیمم جدی نبود الان که توی این جلسه نبودم! دیدم واقعا خوشحال شد و گفت از اینکه اونجا کنار هم هستیم خیلی خوشحالیم و امیدوارم سربلند برگردی!
تعجب کردم، گفتم: من برگردم؟! پس خودت چی؟ محسن با اون لبخند‌های همیشگی نگاهم کرد و گفت: مطمئن باش شهید میشم. گفتم: هممون آرزوی شهادت داریم، ولی همه چیز خواست خداست.
دوباره گفت: خودم خواب دیدم و می‌دونم سند شهادتم امضاء شده. خب توی جلسه موقعیت نشد که خوابشو برام تعریف کنه و گفت بعداً برات مفصل میگم. با اتمام جلسه بعد از خداحافظی مفصل دیگه من محسن رو ندیدم. فقط قبل از رفتنش تلفنی زنگ زد و حلالیت طلبید و ناراحت از این بود که من باهاش اعزام نشدم، ولی گفت اونجا منتظرت می‌مونم.»
محسن اوایل روز‌های فروردین ۹۵ در حالی که تازه ۲۶ سالش شده بود به سوریه اعزام شد و در ۲۳ فروردین همان سال، در روستای «برنه» حلب به شهادت رسید و شد اولین شهید مدافع حرم ارتش جمهوری اسلامی.
پدر او که محسن فرزند ارشدش بود و او را پشت و پناهش می‌دانست می‌گوید: «وقتی خبر شهادت پسرم را دادند رفتم معراج شهدا و پیکرش را دیدم. آن لحظات با نگرانی فکر می‌کردم حالا چطور این خبر را به مادرش بدهم. قبل از اینکه برسم خانه، به همسرم زنگ زدم. گفت: چیزی شده؟ از محسن خبری شده؟ گفتم: می‌آیم خانه می‌گویم. اما پای رفتن نداشتم. وقتی رسیدم خانه و همسرم در را باز کرد. دوباره پرسید: از محسن خبری شده؟ محسن شهید شده؟ گفتم: شهید شده. گفت: مبارکش باشد... مبارکش باشد»
شهید محسن قوطاسلو آرزویی داشت که حتی در وصیت نامه‌اش هم به آن اشاره کرد. آرزویی که بعد از شهادتش برآورده شد. او آرزوی دیدار با مقام معظم رهبری را داشت و طی این سال‌ها همیشه دوست داشت ایشان را از نزدیک ببیند. اتفاقاً بعد از شهادتش زمانی که مقام معظم رهبری به گلزار شهدای بهشت زهرا می‌روند و وارد قطعه ۵۰ می‌شوند بالای سر مزار او رفته و محسن را به آروزی دیدارش می‌رسانند.