در پیام آیت الله اعرافی آمده است: خبر ارتحال علامه مجاهد و فیلسوف گرانمایه و مفسر فرزانه و فقیه انقلابی حضرت آیت‌الله مصباح یزدی اعلی الله مقامه الشریف برای حوزه‌های علمیه تکان دهنده و غمبار و اسف‌انگیز بود.

در این پیام تصریح شده است: این چهره تابناک از پیشگامان نهضت و انقلاب اسلامی و از یاران وفادار امام خمینی (ره) و رهبر عظیم الشأن انقلاب اسلامی مد ظله العالی و مرزبان اندیشه ناب اسلامی و مدافع آرمان‌ها و ارزش‌های اصیل انقلاب و استوار در همه فراز و فرودها و حوادث و فتنه‌ها بود و در دفاع از اصل ولایت فقیه و رهبری معظم انقلاب اسلامی شجاع و پیشگام و عمارصفت اقدام می‌کرد.

در این پیام آمده است: آن شخصیت بزرگ در فلسفه اسلامی از صاحب‌نظران برجسته و دارای نظریات بکر و نو و برخوردار از اندیشه‌ای دقیق و نقاد و آگاه به اندیشه‌های فلسفی غرب و فلسفه‌های مضاف بشمار می‌آمد و دقت‌ها و موشکافی‌های ایشان فراموش شدنی نیست و آثار ماندگار فلسفی و فکری ایشان گنج فاخر و دستمایه وزین برای حوزه‌های علمیه و دانشگاه‌ها و مراکز علمی و فلسفی داخل و خارج از کشور است.

در این پیام تاکید شده است: آن فقید سعید در قلمروی فلسفه‌های مضاف و علوم انسانی و اجتماعی از منظر اسلامی پیشگام و آغازگر و در طراحی نظامات فکری اسلام مبتکر و پیشاهنگ بود.

در این پیام خاطرنشان شده است: از لطائف بارز در زیست پر برکت ایشان می‌توان به نوآوری‌های برجسته و اندیشه‌های مبتکرانه در قلمرو نظامات آموزشی و پژوهشی و مدیریتی حوزه و پیشگامی در تحول حوزه اشاره کرد و از رهگذر فکر عمیق آن مرحوم مرزهای دانش‌های اسلامی و حوزوی گسترش یافت.

در این پیام اضافه شده است: از نقاط مهم زندگی ایشان سلوک معنوی و روحانی و اخلاقی و بهره‌گیری از استادان معرفت و معنویت مانند امام خمینی (ره)، علامه طباطبایی (ره) و آیت الله بهجت (ره) بود.

در این پیام یادآور شده است: افزون بر آثار و نوشتار نور افشان ایشان، خیل عظیم شاگردان و دست پروردگان گواه بر کارنامه فاخر و ارزشمند وی است.

در این پیام آمده است: آن استاد سفرکرده و به لقای الهی پیوسته با کوله باری از توشه‌های معنوی و عرفانی ان شاء الله در پیشگاه خداوند مهربان سرافراز و مأجور و برای حوزویان و دانشگاهیان مصباح هدایت خواهد بود. آن فقیه پارسا به مجاهدان راه خدا و ایثارگران و محور مقاومت و شهیدان سرافراز و شهید حاج قاسم سلیمانی عشق می‌ورزید و مقدر بود تا در ایام فاطمیه و سالگرد شهادت آن شهید مقاومت به دیار ابدیت بپیوندد.

در پایان پیام مدیر حوزه‌های علمیه آمده است: فقدان آن علامه زاهد و پارسا و شکیبا را به رهبر معظم انقلاب اسلامی و مراجع عظام و حوزه‌های علمیه و مردم شریف و شاگردان و علاقه‌مندان و بیت مکرم و فرزندان گرامی و همسر ارجمند ایشان تسلیت و تعزیت عرض می‌کنم و روز شنبه سیزدهم دی‌ماه را به احترام آن مرحوم و در ایام فاطمیه و سالگرد شهادت شهید سلیمانی، حوزه‌های علمیه را تعطیل اعلام می‌نمایم و علو درجات آن فقید سعید و شکیبایی و پاداش نیک الهی را برای بازماندگان محترم و استمرار راهشان را از خداوند مهربان خواستارم.