آیت‌الله بهجت در بیماری‌های جسمی، همواره خود را ملزم به رعایت توصیه‌های پزشکان می‌دانستند. بنابراین توجه به توصیه‌های پزشکی،همراه با دعا برای رفع بیماری‌ها و مشکلات، ضروری است.

آیت‌الله بهجت اطرافیان و شاگردان خود را بسیار به خواندن نماز روز پنجشنبه توصیه می‌کرد و می‌گفت: «آیت‌الله سید مرتضی کشمیری هر وقت این نماز را می‌خواند، هدیه‌ای برای او می‌رسید».

تصاویری نادر از آیت‌الله سید عزیزالله امامت کاشانی در کنار آیت‌الله شیخ محمدتقی بهجت (ره).

دعا کردن به‌نوعی بهره‌گیری از اسباب غیر مادی در کنار اسباب مادی برای درمان بهتر و کامل‌تر بیماران است. بدیهی است توصیه‌ها و دستورالعمل‌های بزرگان دین، به اذکار و ادعیه و یا همراه داشتن حرز برای رفع مشکلات و بیماری‌ها، به‌معنای بی‌توجهی به اصول بهداشتی و یا نادیده گرفتن توصیه‌ها و دستورات پزشکی برای درمان امراض روحی و جسمی نیست. بلکه این دو مکمل یکدیگرند.

مرحوم آیت‌الله بهجت در یکی از بیانات ظهور امام زمان را بشارتی برای مؤمنان بیان کرده و دعا برای ظهور را افضل عبادات برشمردند.

آماده‌سازی مزار آیت‌الله مصباح در کنار مزار آیت‌الله بهجت

آیت‌الله بهجت توصیه به کثرتِ استغفار داشت، تا آنجاکه به کسی که در پی رهایی از گرفتاری‌هایی در زمینه اشتغال و ازدواج بود،‌ چنین فرموده بود: «زیاد از روی اعتقاد کامل بگویید: «أستغفرالله».

وقتی بلایی، مانند وبا، در نجف پیدا می‌شد، حتی در بازارها هم گاهی مجالس روضه‌خوانی و توسل برقرار می‌شد، ولی ما مثل آدم‌های مأیوس و ناامید، گویا نمی‌خواهیم از این درِ رحمت داخل شویم و برای رفع بلا و گرفتاری‌ها به حضرات معصومین علیهم السلام متوسل شویم.