حمایت‌های آیت‌الله خامنه‌ای از دولت اصلاحات از وجه دیگر حتی قابل‌توجه‌تر از امروز یا دولت‌های نهم و دهم بود. زمانی که اصلاحاتی‌ها پشت سر هم و به هر نحوی از تحصن در مجلس گرفته تا اغتشاش خیابانی برای کشور بحران ایجاد می‌کردند و به قول شخص محمد خاتمی صدای دشمن از اردوگاه‌شان به گوش می‌رسید، حمایت‌های رهبر تا آنجا پیش‌رفت که حتی گفتند هر روز برای سیدمحمد خاتمی و دولتش دعا می‌کنند.